Национальные университеты, в том числе The University of Tokyo, Kyoto University и Tohoku University, играют большую роль в исследованиях. Частные Waseda и Keio известны деловыми и гуманитарными направлениями, международными связями и сильными сообществами выпускников.
Токио предлагает самый широкий выбор направлений и работодателей. Киото, Осака, Нагоя, Фукуока и Саппоро также являются крупными университетскими центрами. Англоязычные бакалаврские программы встречаются и в государственных, и в частных вузах.
Наиболее рейтинговыми университетами являются:
- The University of Tokyo (39 место в общемировом рейтинге QS 2027)
- Kyoto University (64 место)
- The University of Osaka (95)
- Institute of Science Tokyo (97)
- Tohoku University (102)
- Nagoya University (156)
- Kyushu University (171)
- Hokkaido University (179)
- Waseda University (201)
- Keio University (213)